Вилегодская Николаевская церковь основана не позднее середины XVII в., что подтверждалось надписью на напрестольном кресте от 1650 г.
В переписной книге 1710 года описаны две церкви в селе Никольском погосте на реке Виляди Вилегодской волости - в вотчине Вологодского архиепископа. Церковь Николая Чудотворца, деревянная, холодная, клетски, верх шатровый. Вторая церковь Афанасия Александрийского, деревянная, тёплая, клетски, о пяти главах. Построена взамен церкви, сгоревшей в 202-м (1694) году. Прежняя церковь - также Афанасиевская, с приделом, деревянная, тёплая.
Церковь в честь Николая Чудотворца в Вилегодской волости Сольвычегодского уезда упоминалась и в окладной книге монастырей и церквей Великоустюжской епархии 1755 года.
Каменная одноэтажная Николаевская церковь построена в конце XVIII в. Престолы свт. Николая Мирликийского, Сретения Господня, свт. Леонтия Ростовского, иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость». Холодный храм во имя свт. Николая Чудотворца освящен по благословению Преосвященного Иоанна Великоустюжского и Тотемского 18 декабря 1780 г. Тёплый - во имя святителя Леонтия Ростовского, освящен 8 декабря 1782 г. 16 февраля 1884 г. освящён придельный храм во имя Леонтия Ростовского.
Приходское попечительство было открыто в 1873 г., председателем избран крестьянин Иван Петрович Стенин.
В 1788 г. при церкви числилось 949 человек, в 1868 г. - 1863.

По материалам сайтов «Sobory.ru» и «mrezha.ru».