Главной святыней Сийского монастыря была икона Пресвятой Троицы, написанная, по преданию, самим преподобным Антонием .Именно им было положено начало традиции иконописания в монастыре, которая в ХХ веке, после возрождения Сийского монастыря, была возобновлена.. Во время работы над этой иконой он «предался посту и молитве, этим более всего способствуя написанию образа». Икона прославилась чудотворениями. По молитвам перед ней прозревали слепые, из одержимых изгонялись бесы. Однажды по недосмотру деревянный Троицкий храм сгорел, но находившаяся в нем чудотворная икона была найдена неповрежденной. Сохранились сведения о том, что в Сийской обители долгое время хранились иконы, написанные преподобным Антонием. Известно также о чудесном исцелении им заболевшего иконописца игумена Питирима, которому преподобный Антоний велел «не оставлять своего труда». В связи с этим преподобный Антоний Сийский наряду с преподобными Алипием Печерским и Андреем Рублевым почитается как святой покровитель иконописцев.
Долгое время икона считалась утерянной. Но к 20 – летию монастыря, 2012 года икона была найдена в запасниках ГМО «Художественная культура Русского Севера» заведующей отделом древнерусского искусства музея Кольцовой Т.М. Икона была представлена на  выставке посвященной Сийскому монастырю  в Архангельском краеведческом музее летом того года.
Икона  Богоматери Владимирской подаренная  Сийскому монастырю патриархом Филаретом. Сейчас находится в Архангельском краеведческом музее.
В своем духовном завещании преподобный     Антоний  изложил свой устав так : «Живите в общежитии, равно духовно и телесно, пищею и одеждою по заповеди святых отцов. На трапезе строителю пищи и пития сверх братского продовольствия ничего не прибавляйте. Также равно и по обсуждению  одежда и обувь. Хмельного питья в монастыре не держите, ни принимайте от христолюбцев. … Нищих же пойте и кормите в довольстве и милостыню подавайте, да не оскудеет место сие святое. Братия, кто здоров, чтоб не оставались без монастырского дела – ради своего спасения, кроме больных. …. Сие молю Вас хранити, да будет с Вами  милость Божия  и пречистой  Его Матери, и преподобного Сергия молитва».