Монастырь находится на месте молитвенных трудов и подвигов преподобного Кирилла Челмогорского, который прожил в уединении на горе Челме 52 года из 82 лет своего земного жития и скончался 8 декабря 1368 года. Он основан в 1378 году иеромонахом Арсением. Однако история монастыря второй половины XIV-всего XV в. неизвестна.
Монастырь входил в Каргопольский уезд Олонецкой епархии. Ныне Архангельская область Каргопольский район. Расположен к юго-востоку от д.Морщихинской между Лекшмозером и озером Монастырским. В XV веке была воздвигнута новая Богоявленская церковь с приделом великомученицы Екатерины. Иоанн Грозный пожаловал монастырю пашенные земли, сенные покосы, леса, озёра и небольшие речки, велел отписывать монастырю часть каргопольских доходов. В начале XVII века пустынь не раз подвергалась разорению литовскими отрядами. В 1633 монастырю была выдана грамота митрополита Новгородского и Великолуцкого Киприана с благословением на строительство двух храмов — Богоявления Господня и Благовещения Богородицы, в 1637 году — ещё одна грамота с благословением на строительство третьего храма над Святыми воротами во имя Великомученицы Екатерины. В 1674 году взамен сгоревшей Благовещенской построена Успенская церковь. Кроме того, монастырь имел своё подворье в Каргополе.
В 1764 году по приказу Екатерины II монастырь попал под секуляризацию (передача церковных земель государству), затронувшую многие обители. Храмы пустыни стали приходскими. В 1845 году строения бывшего монастыря были приписаны к Александро-Ошевенскому монастырю, а в 1880-х годах Челмогорский монастырь получает относительную (хотя официально и не подтверждённую) самостоятельность. В 1880 и 1887 годах монастырь страдает от пожаров. В 1904 году указом Святейшего Синода монастырь официально получает самостоятельность. Известно также, что в 1910 году настоятелем был постриженик Александро-Свирского монастыря иеромонах Герман. В советское время, около 1920 года, монастырь был окончательно упразднён. Но ещё около десяти лет там теплилась жизнь. Настоятель пустыни Афанасий пытался наладить скитскую жизнь. Ещё значился выселок Челма в четыре хозяйства. В 1925 году с колокольни сняли колокола. Через три года вывезли иконы. Ещё через двадцать лет разрушили колокольню. В 1932 году после арестов духовенства и монашествующих Кирилло-Челмогорский монастырь окончательно ликвидирован. В 1932—1934 разобраны деревянные монастырские строения, в том числе церковь Успения Божией Матери. Брёвна от монастырских строений и другое имущество буксировали вёсельными лодками в деревню Лекшмозеро. От обители осталось пустое место.
Сейчас от бывшего монастыря остались руины, по ним еле просматриваются места бывших монастырских построек. От двух белокаменных храмов - только руины, от ограды - груда кирпичей. В 2005 году епископ Архангельский и Холмогорский Тихон освятил неподалёку от бывшего монастыря поклонный крест в память преподобного Кирилла Челмогорского.
По материалам сайта «Sobory.ru».